Группа биоинформатики
Арсен Аракелян
Руководитель группы, доктор биологических наук
Эл. почта: aarakelyan@sci.am
Сотрудники лаборатории
Лилит Нерсисян
Старший научный сотрудник
Сирас Акопян
Младший научный сотрудник
Мария Нокигосян
Младший научный сотрудник
Тигран Мкртчян
Старший лаборант
Мариам Алхазян
Старший лаборант
Общая информация
Группа биоинформатики (http://big.sci.am) — одна из первых в Армении начала заниматься вычислительными задачами геномики. Исследовательские задачи группы включают разработку и применение биоинформатических алгоритмов для интегративного анализа больших биологических данных и исследовании молекулярных патомеханизмов развития и течения комплексных заболеваний. Группа разработала алгоритм Pathway signal flow (PSF) для оценки количественных изменений активности биологических путей на основе данных об экспрессии генов, программы для редактирования топологии карт биологических путей KEGG Pathway (KEGGParser и CyKEGGParser), а также программу Computel для расчета длины теломер по данным полногеномного секвенирования, который в настоящее время является одним из двух наиболее цитируемых программных инструментов в этой области. Геномика рака является одним из основных направлений исследований BIG, в частности, интегративный геномный анализ рака легких, толстой кишки, мозга и крови.
Текущие исследовательские проекты
- «Разработка методов выделения комплексных биомаркеров и классификации фенотипов онкологических заболеваний с использованием биологических сетей и данных высокопроизводительных технологий», КН РА — БРФФИ / 21SC-BRFFR-1F020
- «Пан-раковая оценка механизмов поддержания теломер», КН РА / 21AA-1F019
Избранные публикации
- Arakelyan A, Melkonyan A, Hakobyan S, Boyarskih U, Simonyan A, Nersisyan L, Nikoghosyan M, Filipenko M, Binder H. Transcriptome Patterns of BRCA1- and BRCA2- Mutated Breast and Ovarian Cancers. Int J Mol Sci. 2021 Jan 28;22(3):1266. doi: 10.3390/ijms22031266
- Nersisyan L, Hopp L, Loeffler-Wirth H, Galle J, Loeffler M, Arakelyan A, Binder H. Telomere Length Maintenance and Its Transcriptional Regulation in Lynch Syndrome and Sporadic Colorectal Carcinoma. Front Oncol. 2019 Nov 5;9:1172. doi: 10.3389/fonc.2019.01172
- Nikoghosyan M, Hakobyan S, Hovhannisyan A, Loeffler-Wirth H, Binder H, Arakelyan A. Population Levels Assessment of the Distribution of Disease-Associated Variants With Emphasis on Armenians — A Machine Learning Approach. Front Genet. 2019 Apr 26;10:394. doi: 10.3389/fgene.2019.00394
- Arakelyan A, Nersisyan L, Poghosyan D, Khondkaryan L, Hakobyan A, Löffler-Wirth H, Melanitou E, Binder H. Autoimmunity and autoinflammation: A systems view on signaling pathway dysregulation profiles. PLoS One. 2017 Nov 3;12(11):e0187572. doi: 10.1371/journal.pone.0187572
- Nersisyan L, Arakelyan A. Computel: computation of mean telomere length from whole-genome next-generation sequencing data. PLoS One. 2015 Apr 29;10(4):e0125201. doi: 10.1371/journal.pone.0125201