Կենսաինֆորմատիկայի խումբ
Արսեն Առաքելյան
Խմբի ղեկավար, կենսաբանական գիտությունների դոկտոր
Էլ. փոստ՝ aarakelyan@sci.am
Խմբի անդամներ
Լիլիթ Ներսիսյան
Ավագ գիտաշխատող
Սիրաս Հակոբյան
Կրտսեր գիտաշխատող
Մարիյա Նիկողոսյան
Կրտսեր գիտաշխատող
Տիգրան Մկրտչյան
Ավագ լաբորանտ
Մարիամ Ալխազյան
Ավագ լաբորանտ
Ընդհանուր տեղեկատվություն
- Կենսաինֆորմատիկայի խումբը (BIG, http://big.sci.am) հիմնվել է 2011 թվականին՝ որպես Հայաստանում առաջին ստորաբաժանում, որը զբաղվում է գենոմային կենսաինֆորմատիկայի խնդիրներով։ Խմբի հիմնական գիտական ուղղություններն են «մեծ» կենսաբանական տվյալների համար ալգորիթմների և ծրագրային փաթեթների մշակումը և դրանց կիրառմամբ բազմագործոն հիվանդությունների առաջացման, զարգացման և ընթացքի մոլեկուլային մեխանիզմների պարզաբանումը։ Խմբի կողմից մշակվել է կենսաբանական ուղիների ակտիվության գնահատման ալգորիթմ (PSF), որը գեների էքսպրեսիայի տվյալների հիման վրա գնահատում է կենսաբանական ուղիների ակտիվության մակարդակը, ինչպես նաև KEGG pathway տվյալների շտեմարանում զետեղված կենսաբանական ուղիների վերաբերյալ տեղեկատվության դուրսբերման և մշակման համար KEGGParser և CyKEGGparser ծրագրակազմերը։
- Խմբի մյուս հետազոտական ուղղություններից է թելոմերի երկարության ասոցացիոն վերլուծությունը գենետիկական պոլիմորֆիզմների, գեների էքսպրեսիայի, կենսաբանական ուղիների, և դրանց առողջ/հիվանդ վիճակներով պայմանավորված փոփոխությունների հետ։ Մշակվել է Computel ալգորիթմը, որը հնարավորություն է ընձեռում սեքվենավորման տվյալներից հաշվարկել թելոմերի երկարությունը։ Խմբի մեկ այլ մշակումներից է գեների էքսպրեսիայի հիման վրա դեղերի վերաթիրախավորման մեթոդը, ինչը թույլ է տալիս հայտնաբերել հաստատված դեղամիջոցների նոր թիրախներ և կիրառումներ։ Խումբը նաև լայնորեն օգտագործում է կենսաբանական մեծածավալ տվյալների վերլուծության ստանդարտ գործիքներ։
Ընթացիկ հետազոտական նախագծեր
- «Քաղցկեղների համալիր կենսամարկերների որոշման և ֆենոտիպերի դասակարգման մեթոդների մշակումը կենսաբանական ուղիների և բարձր թողունակության տվյալների հիման վրա», ՀՀ ԳԿ – ՀՀԲՀՀ / 21SC-BRFFR-1F020
- «Թելոմերների պահպանման մեխանիզմների պան-քաղցկեղային գնահատում», ՀՀ ԳԿ / 21AA-1F019
Հոդվածների ընտրանի
- Arakelyan A, Melkonyan A, Hakobyan S, Boyarskih U, Simonyan A, Nersisyan L, Nikoghosyan M, Filipenko M, Binder H. Transcriptome Patterns of BRCA1- and BRCA2- Mutated Breast and Ovarian Cancers. Int J Mol Sci. 2021 Jan 28;22(3):1266. doi: 10.3390/ijms22031266
- Nersisyan L, Hopp L, Loeffler-Wirth H, Galle J, Loeffler M, Arakelyan A, Binder H. Telomere Length Maintenance and Its Transcriptional Regulation in Lynch Syndrome and Sporadic Colorectal Carcinoma. Front Oncol. 2019 Nov 5;9:1172. doi: 10.3389/fonc.2019.01172
- Nikoghosyan M, Hakobyan S, Hovhannisyan A, Loeffler-Wirth H, Binder H, Arakelyan A. Population Levels Assessment of the Distribution of Disease-Associated Variants With Emphasis on Armenians – A Machine Learning Approach. Front Genet. 2019 Apr 26;10:394. doi: 10.3389/fgene.2019.00394
- Arakelyan A, Nersisyan L, Poghosyan D, Khondkaryan L, Hakobyan A, Löffler-Wirth H, Melanitou E, Binder H. Autoimmunity and autoinflammation: A systems view on signaling pathway dysregulation profiles. PLoS One. 2017 Nov 3;12(11):e0187572. doi: 10.1371/journal.pone.0187572
- Nersisyan L, Arakelyan A. Computel: computation of mean telomere length from whole-genome next-generation sequencing data. PLoS One. 2015 Apr 29;10(4):e0125201. doi: 10.1371/journal.pone.0125201