Կենսաինֆորմատիկայի խումբ
Արսեն Առաքելյան
Խմբի ղեկավար, կ․գ․դ․
Էլ. փոստ՝ aarakelyan@sci.am
Խմբի անդամներ
Լիլիթ Ներսիսյան
Ավագ գիտաշխատող
Սիրաս Հակոբյան
Կրտսեր գիտաշխատող
Մարիյա Նիկողոսյան
Կրտսեր գիտաշխատող
Մելինե Հակոբյան
Կրտսեր գիտաշխատող
Սուրեն Դավիթավյան
Կրտսեր գիտաշխատող
Նելլի Վարդազարյան
Ավագ լաբորանտ
Ռազմիկ Սարգսյան
Ավագ լաբորանտ
Մարիամ Ալխազյան
Ավագ լաբորանտ
Ընդհանուր տեղեկատվություն
- Կենսաինֆորմատիկայի խումբը (BIG, http://big.sci.am) հիմնվել է 2011 թվականին՝ որպես Հայաստանում առաջին ստորաբաժանում, որը զբաղվում է գենոմային կենսաինֆորմատիկայի խնդիրներով։ Խմբի հիմնական գիտական ուղղություններն են «մեծ» կենսաբանական տվյալների համար ալգորիթմների և ծրագրային փաթեթների մշակումը և դրանց կիրառմամբ բազմագործոն հիվանդությունների առաջացման, զարգացման և ընթացքի մոլեկուլային մեխանիզմների պարզաբանումը։ Խմբի կողմից մշակվել է կենսաբանական ուղիների ակտիվության գնահատման ալգորիթմ (PSF), որը գեների էքսպրեսիայի տվյալների հիման վրա գնահատում է կենսաբանական ուղիների ակտիվության մակարդակը, ինչպես նաև KEGG pathway տվյալների շտեմարանում զետեղված կենսաբանական ուղիների վերաբերյալ տեղեկատվության դուրսբերման և մշակման համար KEGGParser և CyKEGGparser ծրագրակազմերը։
- Խմբի մյուս հետազոտական ուղղություններից է թելոմերի երկարության ասոցացիոն վերլուծությունը գենետիկական պոլիմորֆիզմների, գեների էքսպրեսիայի, կենսաբանական ուղիների, և դրանց առողջ/հիվանդ վիճակներով պայմանավորված փոփոխությունների հետ։ Մշակվել է Computel ալգորիթմը, որը հնարավորություն է ընձեռում սեքվենավորման տվյալներից հաշվարկել թելոմերի երկարությունը։ Խմբի մեկ այլ մշակումներից է գեների էքսպրեսիայի հիման վրա դեղերի վերաթիրախավորման մեթոդը, ինչը թույլ է տալիս հայտնաբերել հաստատված դեղամիջոցների նոր թիրախներ և կիրառումներ։ Խումբը նաև լայնորեն օգտագործում է կենսաբանական մեծածավալ տվյալների վերլուծության ստանդարտ գործիքներ։
Ընթացիկ հետազոտական նախագծեր
- «Քաղցկեղների համալիր կենսամարկերների որոշման և ֆենոտիպերի դասակարգման մեթոդների մշակումը կենսաբանական ուղիների և բարձր թողունակության տվյալների հիման վրա», ՀՀ ԳԿ – ՀՀԲՀՀ / 21SC-BRFFR-1F020
- «Թելոմերների պահպանման մեխանիզմների պան-քաղցկեղային գնահատում», ՀՀ ԳԿ / 21AA-1F019
Հոդվածների ընտրանի
- Arakelyan A, Melkonyan A, Hakobyan S, Boyarskih U, Simonyan A, Nersisyan L, Nikoghosyan M, Filipenko M, Binder H. Transcriptome Patterns of BRCA1- and BRCA2- Mutated Breast and Ovarian Cancers. Int J Mol Sci. 2021 Jan 28;22(3):1266. doi: 10.3390/ijms22031266
- Nersisyan L, Hopp L, Loeffler-Wirth H, Galle J, Loeffler M, Arakelyan A, Binder H. Telomere Length Maintenance and Its Transcriptional Regulation in Lynch Syndrome and Sporadic Colorectal Carcinoma. Front Oncol. 2019 Nov 5;9:1172. doi: 10.3389/fonc.2019.01172
- Nikoghosyan M, Hakobyan S, Hovhannisyan A, Loeffler-Wirth H, Binder H, Arakelyan A. Population Levels Assessment of the Distribution of Disease-Associated Variants With Emphasis on Armenians – A Machine Learning Approach. Front Genet. 2019 Apr 26;10:394. doi: 10.3389/fgene.2019.00394
- Arakelyan A, Nersisyan L, Poghosyan D, Khondkaryan L, Hakobyan A, Löffler-Wirth H, Melanitou E, Binder H. Autoimmunity and autoinflammation: A systems view on signaling pathway dysregulation profiles. PLoS One. 2017 Nov 3;12(11):e0187572. doi: 10.1371/journal.pone.0187572
- Nersisyan L, Arakelyan A. Computel: computation of mean telomere length from whole-genome next-generation sequencing data. PLoS One. 2015 Apr 29;10(4):e0125201. doi: 10.1371/journal.pone.0125201